馬云收購恒生，一個引起大家關注的問題是：到底是否涉嫌違反《反壟斷法》？這也是業內人士普遍擔心的問題。
恒生電子幾乎是傳統金融機構最大的IT供應商。恒生電子的客戶包括證券、基金、銀行、保險等諸多領域，基金公司和證券公司為其核心服務對象。根據恒生電子2012年年報，公司在基金、證券、保險（放心保）、信托資管領域核心市場占有率分別達到93%、80%、90%、75%。
恒生電子也在其公告披露收購案需取得商務部審批。
國務院反壟斷委員會專家咨詢組專家、中國政法大學法學教授時建中分析說，如果企業在公告中專門提到了反壟斷主張，并提到需要報商務部審批，我們就應該假定其了解《反壟斷法》的相關規定。但是目前，從數據上看，似乎并不支持申報的門檻。
目前商務部主要負責經營者集中類的反壟斷審查。這方面，主要是依據2008年出臺的《國務院關于經營者集中申報標準的規定》（下稱《規定》）。
第三條 經營者集中達到下列標準之一的，經營者應當事先向國務院商務主管部門申報，未申報的不得實施集中：
（一）參與集中的所有經營者上一會計年度在全球范圍內的營業額合計超過100億元人民幣，并且其中至少兩個經營者上一會計年度在中國境內的營業額均超過4億元人民幣；
（二）參與集中的所有經營者上一會計年度在中國境內的營業額合計超過20億元人民幣，并且其中至少兩個經營者上一會計年度在中國境內的營業額均超過4億元人民幣。
營業額的計算，應當考慮銀行、保險、證券、期貨等特殊行業、領域的實際情況，具體辦法由國務院商務主管部門會同國務院有關部門制定。
按照這個標準，恒生電子和浙江融信都達不到需要申報的標準。恒生一年營業額才10多億。浙江融信只有2000多萬。
關于可能形成的市場壟斷問題，恒生電子在公告中解釋稱，國內金融業應用軟件及服務的市場是充分競爭市場，集中度不高，且市場進入壁壘較低，公告還依據“在金融業務創新的推動下，新涌現的競爭對手在一些細分產品市場已經獲得了優勢”，恒生同時表示，“浙江融信及其關聯方并不從事和恒生電子核心業務相競爭的業務，和公司目前也不存在上下游的關系。因此，本次收購并不會在金融業應用軟件和相關IT服務這一市場內產生限制競爭的效果”。
恒生電子還在公告中對市場關注的金融大數據問題予以回應。恒生電子表示，公司只是向金融機構提供金融IT軟件，軟件交付后由客戶自行運營與管理，公司不可能獲取更無可能泄露金融客戶的數據，金融數據的儲存與產權完全歸客戶控制與所有。
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